Autori: Diella S1, Di Bari I1, Spadaccino F2, Pecoraro C3, Massella L4, Caridi G5, Gesualdo L1,Gigante M1
Affiliazioni: (1)University of Bari “Aldo Moro”; (2)University of Foggia; (3)Santobono Children’s Hospital; (4)Bambino Gesù Children’s Hospital;(5)Gaslini Children’s Hospita Italy
Premessa: I registri di Dialisi e Trapianto di tutti i Paesi riportano un’alta prevalenza di malattia renale terminale da cause non diagnosticate (dal 15 al 50%) ed è verosimile che diversi tipi di insufficienza renale cronica su base genetica rendano in parte ragione di tali percentuali.
Scopo dello studio: Sviluppo di 3 differenti protocolli di Targeted NGS per l’analisi di geni associati a due gruppi di patologie renali geneticamente eterogenee: le glomerulopatie e le malattie cistiche ereditarie.
Materiali e metodi: 150 pazienti con glomerulopatia non responsiva ai trattamenti farmacologici, con età di esordio compresa tra 0 e 25 anni, e 212 pazienti pediatrici e adulti con sospetta malattia cistica (ADPKD, MCKD, ARPKD, Nefronoftisi) sono stati analizzati mediante NGS e pannelli custom utilizzando MiSeq e vari tool bioinformatici (IGV Browser, SureCall, VariantStudio)
Risultati: In 105/150 (70%) pazienti con sospetta glomerulopatia genetica non responsiva ai trattamenti farmacologici è stata identificata la causa genetica, nei restanti 45/150 (30%) non è stata identificata alcuna variante causativa. In 153/196 (78%) probandi con sospetta ADPKD e in 12/16 (75%) pazienti con MCKD, ARPKD o nefronoftisi è stata confermata l’origine genetica; nei restanti casi di malattia cistica (47/212; 22%) non è stata identificata alcuna variante causativa.
Conclusioni: L’utilizzo di differenti pannelli di Target NGS con un numero non elevato di geni ha garantito un coverage di almeno 100X delle regioni analizzate, consentendo di ottenere una detection rate del 70% nei casi di glomerulopatie e del 78% nei pazienti con malattia cistica, e di migliorare diagnosi, prognosi e counseling genetico di queste gravi patologie, in gran parte progressive fino all’insufficienza renale terminale.